Im Haus von Ivan Petrovich Shuisky beschließen sie in Anwesenheit vieler Geistlicher und einiger Bojaren, sich von Fjodor Ioannovich von der Zarin, Godunovas Schwester, scheiden zu lassen, dank derer Boris nach allen Angaben aufbewahrt wird. Sie stellen ein Papier zusammen, in dem sie, in Erinnerung an die Unfruchtbarkeit der Königin und die Kindheit von Demetrius, den König bitten, eine neue Ehe einzugehen. Golovin deutet Shuisky auf die Möglichkeit hin, Demetrius anstelle von Fedor einzusetzen, erhält aber eine strenge Ablehnung. Prinzessin Mstislavskaya trägt Gäste herum und trinkt Fedors Gesundheit. Shakhovsky, Bräutigam von Mstislavskaya, Matchmaker Volokhov nennt den Ort des geheimen Treffens. Iwan Petrowitsch sendet eine Petition an den Metropoliten und beklagt die Notwendigkeit, die Königin zu zerstören. Fedyuk Starkov, sein Butler, berichtet über das, was Godunov gesehen hat. Nachdem er von Uglich Informationen über Golovins Beziehung zu Nagimi erhalten hat und eine Bedrohung für seine Macht sieht, verkündet er seinen Anhängern Lup-Kleshnin und Prinz Turenin die Entscheidung, sich mit Shuisky zu versöhnen. Fjodor kommt und beschwert sich über ein ruckeliges Pferd. Königin Irina erscheint, die Fedor schelmisch über die Schönheit Mstislavskaya berichtet, die er in der Kirche gesehen hat, und versichert der Königin sofort, dass sie für ihn schöner ist als alle anderen. Godunov spricht von dem Wunsch, sich mit Shuisky abzufinden, und der Zar nimmt die Angelegenheit gerne auf.
Fedor kündigt seine Absicht an, Godunov mit Shuisky zu versöhnen, und bittet Metropolit Dionysius und andere Geistliche um Hilfe. Dionysius beschuldigt Godunov, die Kirche unterdrückt zu haben, den Ketzern gegenüber nachsichtig zu sein und die Steuererhebung wieder aufzunehmen, von der die Kirche befreit wurde. Godunov überreicht ihm Schutzbriefe und Berichte über die Verfolgung der Häresie. Der König bittet Irina und die Bojaren um Unterstützung. Begleitet von der Begeisterung der Bevölkerung kommt Ivan Petrovich Shuisky. Fedor wirft ihm vor, die Duma nicht besucht zu haben. Shuisky ist entmutigt über die Unmöglichkeit, Godunov zuzustimmen. Fjodor, der sich an die heiligen Schriften erinnert und Geistliche zu Zeugen ruft, spricht von den Vorteilen der Versöhnung, und Godunov, der ihm gehorsam ist, bietet Shuisky seine Zustimmung an. Shuisky wirft ihm vor, er wolle die staatliche Kontrolle nicht teilen, die John fünf Bojaren vermachte: Zakharyin (verstorben), Mstislavsky (gewaltsam tonsuriert), Belsky (verbannt), Godunov und Shuisky. Godunov, der sich rechtfertigt, spricht von Shuiskys Arroganz, dass er die alleinige Macht zum Wohle Russlands eingesetzt hat, was auch durch bewiesen wird; Er fügt hinzu, dass die schwierige Aufgabe, einen frustrierten Zustand in Ordnung zu bringen, nur Shuysky war. Und als Ivan Petrovich seinen Unterstützer Metropolitan anruft, berichtet er über Godunovs Aktionen zugunsten der Kirche und überredet Shuisky zum Frieden. Irina, die ihre bestickte Decke für den Pskow-Schrein zeigt, gibt zu, dass dies ihr Gebetsgelübde für die Rettung von Shuisky ist, der einst von Litauern in Pskow belagert wurde. Ein aufgeregter Shuisky ist bereit, seine frühere Feindschaft zu vergessen, fordert jedoch von Godunov Sicherheitsgarantien für seine Mitarbeiter. Godunov schwört und küsst das Kreuz. Sie laden die Auserwählten aus der Menge ein, die Shuisky gebracht hat. Fjodor spricht mit dem alten Mann und weiß nicht, wie er ihn aufhalten soll. In seinem Neffen erkennt er den Kaufmann Krasilnikow, der ihn kürzlich mit einem Bärenkampf amüsierte. Er erinnert sich an seinen Bruder Golub, der Shakhovsky mit Faustschlägen besiegt hat . Shuisky kündigt eine Versöhnung mit Godunov an, die Kaufleute sind besorgt („Sie versöhnen unsere Köpfe“), Shuisky ärgert sich über sein Misstrauen gegenüber der Person, die gerade am Kreuz geschworen hat. Kaufleute bitten um Schutz vor Godunov, dem König, aber er schickt sie zu Boris. Boris befiehlt leise, die Namen der Kaufleute aufzuschreiben.
Nachts warten im Garten von Shuysky Prinzessin Mstislavskaya und Vasilisa Volokhova auf Shakhovsky. Er kommt, spricht über Liebe, über die Ungeduld, mit der die Hochzeit erwartet, lacht sie und scherzt mit ihr. Krasilnikov kommt gerannt, lässt ein, Shakhovsky versteckt sich, ruft nach Ivan Petrovich und berichtet, dass jeder, der mit dem Zaren zusammen war, auf Befehl von Godunov gefangen genommen wurde. Shuisky befiehlt Moskau, sich zu Godunov zu erheben. Er hatte angedeutet, dass Dimitri Golovin abrupt abbrach, und ging zum Zaren, als er sagte, Boris habe sich selbst in die Irre geführt. Währenddessen diskutieren die verbleibenden Bojaren über die Petition und suchen nach einer neuen Königin. Vasily Shuisky ruft Prinzessin Mstislavskaya an. Ihr Bruder entschied sich nicht sofort und wollte zumindest einen Grund für einen Streit mit Shakhovsky finden. Während er zögert, schreibt Golovin den Namen der Prinzessin in die Petition. Shakhovskaya erscheint und erklärt, dass sie die Braut nicht aufgeben wird. Die Prinzessin und Volokhova werden ebenfalls gefunden. Mit einem allgemeinen Schrei, gegenseitigen Drohungen und Vorwürfen schnappt sich Shakhovskaya einen Brief und rennt weg. Godunov legt den Zarenstaatspapieren vor, auf deren Inhalt er nicht eingeht, sondern mit Boris 'Entscheidungen übereinstimmt. Zarin Irina spricht von einem Brief der Witwenkönigin aus Uglich mit der Bitte, mit Dimitri nach Moskau zurückzukehren. Fjodor vertraute den Fall Boris an, aber Irina forderte von ihm die Lösung der "Familienangelegenheit"; Fedor streitet mit Boris und ärgert sich über seine Hartnäckigkeit. Shuisky kommt und beschwert sich über Godunov. Er schließt nicht auf und erklärt, dass die Kaufleute nicht für die Vergangenheit genommen wurden, sondern für den Versuch, die Welt zwischen ihm und Shuisky zu verärgern. Der Zar ist bereit, Godunow zu vergeben, weil er glaubt, dass sie sich einfach nicht verstanden haben, aber die unerbittliche Forderung, den Prinzen in Uglich zu lassen, ist schließlich wütend auf den Zaren. Godunov sagt, dass er Shuisky Platz macht, Fedor bittet ihn zu bleiben, Shuisky, verwundet durch das Verhalten des Zaren, geht. Kleshnin bringt Golovin Nagims Brief aus Uglich, Godunov zeigt ihn dem Zaren und fordert, dass Shuisky in Gewahrsam genommen und möglicherweise hingerichtet wird. Im Falle eines Misserfolgs droht er zu gehen. Schockierter Fedor lehnt nach langem Zögern Godunovs Dienste ab.
Ivan Petrovich Shuisky tröstet Prinzessin Mstislavskaya: Er wird ihr nicht erlauben, den Zaren zu heiraten, und er hofft, dass Shakhovskaya sie nicht informieren wird. Er sendet an die Prinzessin, akzeptiert die Bojaren und Flüchtlinge Krasilnikov und Dove und definiert unter der Annahme, dass der verarmte Fedor entfernt und Demetrius auf dem Thron thront, die Aufgaben aller. Der entfremdete Godunov, der zu Hause sitzt, fragt Kleshnin nach Wolokhova und wiederholt viele Male, "damit sie den Prinzen huren würde". Kleshnin schickt Wolokhow zu UGLICH, einer neuen Mutter, befiehlt ihm, beschützt zu werden, und deutet an, dass der Prinz, der an einem Reis leidet, sich selbst töten wird, sie nicht fragen wird. In der Zwischenzeit kann Fedor die ihm vorgelegten Papiere nicht herausfinden. Kleshnin kommt und berichtet, dass Boris frustriert erkrankt ist und Shuisky sofort inhaftiert werden muss, weil er Demetrius auf den Thron erheben will. Fedor glaubt nicht. Shuisky kommt herein, zu dem Fedor von einer Denunziation spricht und ihn bittet, sich zu rechtfertigen. Der Prinz weigert sich, der König besteht darauf, Kleshnin drängt. Shuisky gesteht Rebellion. Fjodor, der Angst hat, dass Godunow Shuisky wegen Verrats bestrafen würde, erklärt, dass er selbst befohlen hat, den Prinzen auf den Thron zu setzen, und verdrängt den geschockten Shuisky aus dem Raum. Shakhovskaya stürmt in die königlichen Gemächer und bittet ihn, die Braut zu ihm zurückzubringen. Fedor, der die Unterschrift von Ivan Petrovich Shuisky gesehen hat, weint und hört nicht auf Irinas Argumente über die Absurdität des Papiers. Er schützt Irina vor Beleidigungen und unterschreibt Borisovs Befehl, der sowohl sie als auch Shakhovsky erschreckt. Auf der Brücke über den Fluss rüttelt der alte Mann die Leute für Shuisky, der Husar singt über seine Tapferkeit. Ein Bote reitet mit der Nachricht vom Vormarsch der Tataren. Prinz Turenin mit Bogenschützen führt Shuisky ins Gefängnis. Das Volk, das vom alten Mann vertrieben wird, will Shuisky befreien, aber er spricht von seiner Schuld vor dem "heiligen" König und dass sie eine Bestrafung verdienen.
Kleshnin berichtet Godunov, dass die Shuiskys und ihre Anhänger inhaftiert sind, und stellt Wassili Iwanowitsch Shuisky vor. Er dreht die Sache so, als hätte er eine Petition zum Wohl Godunovs gestartet. Godunov versteht, dass Shuisky in seinen Händen ist und lässt ihn los. Zarin Irina tritt für Iwan Petrowitsch ein. Godunov, der erkennt, dass Shuisky nicht aufhören wird, mit ihm zu streiten, ist unerbittlich. Auf dem Platz vor der Kathedrale sprechen Bettler von einer Veränderung in der Metropole, die Godunov zuwider ist, über die Hinrichtung von Kaufleuten, die hinter Shuisky standen. Zarin Irina führt Mstislavskaya, um nach Shuisky zu fragen. Fedor kommt aus der Kathedrale, nachdem er Zar Ivan ein Requiem serviert hat. Die Prinzessin eilt ihm zu Füßen. Fedor schickt Prinz Turenin nach Shuisky. Aber Turenin berichtet, dass Shuisky sich nachts erwürgt hat, sich selbst beschuldigt, übersehen zu haben (weil er die von Shakhovsky ins Gefängnis gebrachte Menge und nur Shakhovsky erschossen hat). Fedor stürmt auf Turenin zu, beschuldigt ihn, Shuisky getötet zu haben, und droht ihm mit Hinrichtung. Der Bote bringt einen Brief aus Uglich über den Tod des Prinzen. Der schockierte König will die Wahrheit selbst herausfinden. Es kommt eine Nachricht über die Annäherung des Khan und eine frühe Belagerung von Moskau. Godunov bietet an, Kleshnin und Vasily Shuisky zu schicken, und Fedor ist zuversichtlich, dass Godunov unschuldig ist. Prinzessin Mstislavskaya sagt, sie beabsichtige, sich die Haare schneiden zu lassen. Fedor wird auf Anraten seiner Frau die gesamte Regierungslast an Boris übergeben und in Erinnerung an seine Absicht, „sich auf alles zu einigen, alles zu glätten“, um sein Schicksal und seine königliche Pflicht trauern.
